次氯酸鈉用于飲用水消毒的歷史幾乎和氯氣一樣久，尤其是1930s之后。次氯酸鈉是一種高效、廣譜、安全的強力滅菌、殺病毒藥劑。與水的親和性很好，能與水任意比互溶，操作安全，使用方便，易于儲存，可以在任意環境工作狀況下投加。

大量的文獻認為次氯酸鈉的消毒機理同氯氣消毒一致，其原理主要是通過水解形成次氯酸。因此，次氯酸鈉的水解是整個過程的關鍵和控制步驟。影響水解的主要因素是pH值和溫度。一定程度上氯氣水解可以降低水溶液的pH值，而次氯酸鈉恰好相反。再加上為了維持溶液穩定，商業次氯酸鈉會含一定量的氫氧化鈉以提高pH值，因此使用次氯酸鈉消毒會消耗水中的氫離子，有可能會提高水體的pH值。氯氣和次氯酸鈉一樣，更有效的消毒成分是水解后生成的次氯酸。而次氯酸在較低的pH值時比例會更高，即消毒效果會更好。

文獻表明，pH值從6升高到7，對Giardia達到相同滅活率時需要的接觸時間需要延長50%；而pH從升高到8和9時，相同滅活率時需要的接觸時間需要增加6倍。

次氯酸鈉消毒與水解有關，受pH值的影響較大。有研究表明，隨著pH值的上升，TTHM（總三鹵甲烷）的發生量也增加。

  pH~7時，TTHM的生成量僅為pH~9時的一半左右。

  2012年王林等人也發表了類似的觀點，即高pH值時消毒副產物會增加。

  以上觀點表明，次氯酸鈉消毒的有利條件是較低的至少是中性的環境。國內的研究都指出次氯酸鈉消毒可顯著降低三氯甲烷和鹵乙酸的生成。